L'aprofitament alimentari, el reciclatge i la gestió eficient dels recursos defineixen la política mediambiental de la Unitat Alimentària.  

Mercabarna treballa per ser una ciutat alimentària més sostenible i aposta pel creixement conscient i la reducció de l'impacte mediambiental de la seva activitat. En aquest sentit, s'implementen polítiques ambientals que promouen l'aprofitament alimentari, el reciclatge i reutilització dels envasos i la gestió eficient dels recursos.

La lluita contra el malbaratament alimentari és un dels objectius estratègics de Mercabarna. D'una banda, destaca la col·laboració amb el Banc dels Aliments i la posada en marxa de l'app T-Mercabarna Solidària per distribuir aliments excedentaris entre col·lectius en risc. Així mateix, l'any 2019 es va organitzar la 2a Universitat d'Estiu centrada en la lluita contra el malbaratament d'aliments i es van impulsar els premis Mercabarna Paco Muñoz per reconèixer els millors projectes d'aprofitament alimentari de Catalunya.

Respecte la gestió de residus, l'any passat es va reciclar el 75% dels residus generats a la Unitat Alimentària. A més, aquest any s'han instal·lat fonts d'aigua a les oficines de Mercabarna per tal d'eliminar el consum d'ampolles de plàstic i s'ha obsequiat els treballadors de l'empresa amb una ampolla reutilitzable.

Pel que fa als recursos, durant el 2019 es van instal·lar 1.414 lluminàries led als mercats centrals i als vials del recinte per optimitzar el consum energètic. Cal tenir en compte que el 25% de l'energia que es fa servir a la Unitat Alimentària és verda, és a dir, que durant la seva producció no es generen emissions de CO₂.

A més, el Biomarket, que serà el primer mercat majorista de productes ecològics d'Espanya, estarà equipat amb plaques fotovoltaiques, que se sumaran a les existents a Mercabarna-flor. D'altra banda, el consum d'aigua de xarxa es va reduir un 3,47% durant el 2019.