Des del passat 20 de desembre, Mercabarna té un nou president arran dels canvis en el govern municipal de Barcelona. El nou president és Agustí Colom, de Barcelona en Comú i regidor d'Empresa i Turisme i Comerç i Mercats de l'Ajuntament de Barcelona, que substitueix a la fins ara presidenta Montserrat Ballarín (PSC), que ha exercit aquest càrrec des de juliol de 2016.